復合微生物肥料產品在市面上品類眾多，雖除去常用的有機質成分如玉米原漿、豆粕、麩皮等，各家菌的品種、含量不一，故肥效也會有區別。

復合微生物肥料中能夠起作用的只有活菌，肥效直接與實際產品中的活菌數量相關，有益活菌數量越高通常表現會更好。對土壤定植能力強、復合無拮抗菌種在后續的使用中能起到更好的作用。

復合微生物肥料對于土壤的助益

拿柑橘種植舉例，柑橘在定植以后將在同一地方連續生長多年，對于土壤養分會持續消耗。長時間粗放管理的柑橘園在種植多年后，土壤會產生一些變化，比如有機質含量會減少，土壤空隙變小，易板結，透氣性差，酸堿性失衡等。

施用微生物菌肥后能夠增加土壤中有益菌的數量，更好累積增加土壤中的有機質含量，增強土壤中氮磷元素的供給能力，維持土壤的微酸性及活化土壤，保持根系周圍土壤的疏松透氣結構。

復合微生物肥料對于其他肥料的助益

復合微生物肥料中含有的活菌能夠釋放出土壤里被固定磷元素和鉀元素，讓它們成為可被植物吸收轉化的游離狀態，一些活菌還能通過從空氣中的氮氣固定氮元素，為土壤提供更多氮肥。能更好地進行肥料利用。

復合微生物肥料對于植物調節生長的助益

微生物在土壤中扎根繁殖后會產生一定的代謝產物，如赤霉素、生長素、細胞分裂素等有促進作用的植物生長調節劑，有助于調節植物的生長發育過程。

微生物產生的酶類還能將土壤中固定的磷鉀鐵銅等元素釋放出來，以供植物吸收，減少其他肥料施用的浪費。同時生物菌肥還能減輕植物連續生長多年后根系累積分泌物的自毒作用，也能分解土壤中的有害物質，促發新生根系，幫助植株更好生長。

復合微生物肥料對于病害控制的助益

自然土壤中存在著大量細菌，許多疾病即來源于土壤中的病原菌，在有限的土壤環境里，有益菌能快速繁殖并形成優勢種群，搶占有害菌的生存空間，抑制有害菌的繁殖擴散。

同時微生物菌肥里的有益菌還能在繁殖中產生枯草菌素、短桿菌肽等物質抑制甚至殺滅一部分病原菌，減少致病機會，比如抑制柑橘根部的真菌和線蟲病害等，提高抵抗力。

復合微生物肥料的施用方法

還是拿柑橘舉例，沿著樹冠邊緣正下方的滴水線挖寬度30-40厘米，深度50-60厘米的坑，清除掉土表的落葉枯枝落果等，搭配腐熟的花生茶籽餅肥、過磷酸鈣和氯化鉀等與土混合均勻后再填入坑中，同時及時給水促進肥料溶解和植株吸收。施肥時間可以選擇老樹復壯等時機，有助于根系生長，復壯枝條，恢復樹勢。